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异构化乳糖对人体健康功能显著。人体肠道内有益菌为双歧杆菌，异构化乳糖是双歧杆菌生长的糖源，它在小肠内不被分解，移到大肠内可被所有双歧杆菌利用，使双歧杆菌增长占优势、抑制腐败细菌及病原菌的生长，对改变肠内菌丛、保持肠道正常功能、防病治病抗老化等起重要作用。
异构化乳糖防治便秘和也很显著。肠内双歧杆菌增殖，pH值降低，促进了肠的蠕动，使粪便变软，排便数量及次数均可增加，并能使肠内易造成腐败菌生长的无用物在肠内滞留时间缩短，起到防止肠癌的作用。
用母乳喂养的婴儿比人工喂养的婴儿的肠道双歧杆菌占优势（占总菌的90%以上），前者比后者抵抗力强，患病率低，生长发育好，因为母乳中有促进婴儿肠内双歧杆菌生长的因子。如在奶粉中加入0．5%的异构化乳糖，人工喂养婴儿，可使婴儿肠内双歧杆菌比例增加，接近母乳育儿，抵抗力增强，促进生长发育，降低患病率。
异构化乳糖可广泛用于中，如添加到乳饮料、碳酸饮料、果汁饮料、糖果、奶粉等食品中作膳食疗效食品，也可单独作医疗用品。